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crée le : 20220610- mis à jour le : 20220410- généré le: 20221012_104304

1.Back office proteodie  Références back office proteodie   références proteodie 

  • document quantique org proteo  pour publication des partitions des protéodies

    2.Spécification de relation AA notes sti inh 

  • à partir du code FASTA, on insére les notes stimulatrices des AA à partir du tableau tableau proteodie 
  • dans ce tableau à une note stimulatrice est associée à une note inhibitrice (relation 0-1)
  • à partir des notes stimulatrices pour les AA, on fait une jointure dans tableau proteodie  sur la note inhibitrice pour voir si cette note stimulatrice est aussi une note inhibitrice (ce qui n'est le cas que pour 7 sur 10) et on récupère les valeurs stimulatrices (notée inhibitrice dans le tableau puisque sur la ligne de son antagoniste) de cette note à savoir la note et l'expression régulière qui liste les acides aminés correspondant à cette note.

    3.Tableau relation AA notes sti inh : relation entre acides aminées via la conjonction des notes inhibitrices et stimulatrice

    CodeFastaCodeAAacide_aminé  Note_sti_GBNote_inh_GBregexp_inhimg_sti  img_inh  
    G  Gly  Glycine  2A          
    E  Glu  Glutamate  3A  3F  CPTV     
    K  Lys  Lysine  3A  3F  CPTV     
    M  Met  Méthionine  3A  3F  CPTV     
    Q  Gln  Glutamine  3A  3F  CPTV     
    F  Phe  Phénylalanine  3B          
    U  Sel  Sélénocystéine3B          
    H  His  Histidine  3Bb  3E  S     
    A  Ala  Alanine  3C  4D  W      
    S  Ser  Sérine  3E  3Bb  H      
    C  Cys  Cystéine  3F  3A  EKMQ     
    P  Pro  Proline  3F  3A  EKMQ     
    T  Thr  Thréonine  3F  3A  EKMQ     
    V  Val  Valine  3F  3A  EKMQ     
    D  Asp  Aspartate  3G  3G  DILN     
    I  Ile  Isoleucine  3G  3G  DILN     
    L  Leu  Leucine  3G  3G  DILN     
    N  Asn  Asparagine  3G  3G  DILN     
    R  Arg  Arginine  4C          
    Y  Tyr  Tyrosine  4C          
    W  Trp  Tryptophane  4D  3C  A      
    nbr  nbr  nbr  nbr    nbr  nbr  nbr  
    CodeFastaCodeAAacide_aminé  Note_sti_GB  regexp_inhimg_sti  img_inh  
    21.00000021.00021.000000  21.000000    16.000000  21.000000  16.000000  

    4.Tableau proteo image note hominh  domaine notes musique jpg 

    jpg jpg jpg jpg jpg jpg jpg

    Note_inh_GBregexp_inhnote_hominh_img  
         
    3f  cptv   
    3e  s    
    4d  w    
    3bb  h    
    3a  ekmq   
    3g  diln   
    3c  a    
    nbr  nbr    
    Note_inh_GBregexp_inh  
    7.0000007.000000    

    mspaint $BASE\proteodie\fic\jpg\hominh_nb_3f_expreg_cptv.
    mspaint $BASE\proteodie\fic\jpg\hominh_nb_3e_expreg_s.
    mspaint $BASE\proteodie\fic\jpg\hominh_nb_4d_expreg_w.
    mspaint $BASE\proteodie\fic\jpg\hominh_nb_3bb_expreg_h.
    mspaint $BASE\proteodie\fic\jpg\hominh_nb_3a_expreg_ekmq.
    mspaint $BASE\proteodie\fic\jpg\hominh_nb_3g_expreg_diln.
    mspaint $BASE\proteodie\fic\jpg\hominh_nb_3c_expreg_a.

    sauvegarde spécifications [proteo_image_note_hominh_tab]
    CSV_EDT:copy 5597a7a55408g_dir%\nb_\0.jpg 5597a7a55408g_dir%\hominh_nb_\0_expreg_\1.jpg::copy_image_note_homoinh:
    CSV_EDT:hominh_nb_\0_expreg_\1.jpg::nom_image_note_homoinh:
    CSV_EDT:mspaint 5597a7a55408g_dir%\hominh_nb_\0_expreg_\1.jpg::edit_image_note_homoinh:
    5.Tableau proteo image note  domaine notes musique jpg 

    Note_sti_GBNote_inh_GBCodeAA_stiregexp_stiregexp_inhnote simple sti  note simple inh  avec nom sti  avec nom inh  nom acide aminé sti  nom acide aminé inh  
    2A  4F  Gly  G                
    3A  3F  Gln  EKMQ  CPTV              
    3B  3Eb  Sel  FU             
    3Bb  3E  His  H  S           
    3C  4D  Ala  A  W              
    3E  3Bb  Ser  S  H           
    3F  3A  Val  CPTV  EKMQ              
    3G  3G  Asn  DILN  DILN              
    4C  3D  Tyr  RY                
    4D  3C  Trp  W  A              
    nbr  nbr    nbr  nbr              
    Note_sti_GBNote_inh_GB  regexp_stiregexp_inh            
    10.00000010.000000    10.000000  7.000000              

    6.Notes musique img tag

    filename  numbasename  image  
    %BASE%/proteodie/fic/jpg/nb_2a.jpg    nb_2a    
      1nb_3a    
      2nb_3b    
      3nb_3bb   
      4nb_3c    
      5nb_3d    
      6nb_3e    
      7nb_3eb   
      8nb_3f    
      9nb_3g    
      10nb_4c    
      11nb_4d    
      12nb_4f    
     max    
    filename  num    
    13.000000 12    

    7.Atelier generation code fasta a partir du code AA 

    GASVNQHUYW

     CodeFastaFreq_stiNote_sti_GB
    Gly  G  220.00  2A  
    Ala  A  261.63  3C  
    Ser  S  329.63  3E  
    Val  V  349.23  3F  
    Asn  N  392.00  3G  
    Gln  Q  440.00  3A  
    His  H  466.16  3Bb  
    Sel  U  493.88  3B  
    Tyr  Y  523.26  4C  
    Trp  W  587.00  4D  
    nbr        
    CodeAA      
    10.000      

    8.Back office proteo  atls

  • duplication de tableau url site quantique proteo 

    lien  url  
    document aaa92870 1 crystallin partial homo sapiens inh part   http://quantique.alwaysdata.net/aaa92870_1_crystallin_partial_homo_sapiens_inh_part_txh.htm#aaa92870_1_crystallin_partial_homo_sapiens_inh_part_txh  
    document aaa92870 1 crystallin partial homo sapiens sti part   http://quantique.alwaysdata.net/aaa92870_1_crystallin_partial_homo_sapiens_sti_part_txh.htm#aaa92870_1_crystallin_partial_homo_sapiens_sti_part_txh  
    document acides amines inh part   http://quantique.alwaysdata.net/acides_amines_inh_part_txh.htm#acides_amines_inh_part_txh  
    document acides amines sti part   http://quantique.alwaysdata.net/acides_amines_sti_part_txh.htm#acides_amines_sti_part_txh  
    document alpha 1 antitrypsine inh part   http://quantique.alwaysdata.net/alpha_1_antitrypsine_inh_part_txh.htm#alpha_1_antitrypsine_inh_part_txh  
    document alpha 1 antitrypsine sti part   http://quantique.alwaysdata.net/alpha_1_antitrypsine_sti_part_txh.htm#alpha_1_antitrypsine_sti_part_txh  
    document indolethylamine n methyltransferase homo sapiens inh part   http://quantique.alwaysdata.net/indolethylamine_n_methyltransferase_homo_sapiens_inh_part_txh.htm#indolethylamine_n_methyltransferase_homo_sapiens_inh_part_txh  
    document indolethylamine n methyltransferase homo sapiens sti part   http://quantique.alwaysdata.net/indolethylamine_n_methyltransferase_homo_sapiens_sti_part_txh.htm#indolethylamine_n_methyltransferase_homo_sapiens_sti_part_txh  
    indolethylamine_n_methyltransferase_homo_sapiens_sti_part_txh_ http://quantique.alwaysdata.net/indolethylamine_n_methyltransferase_homo_sapiens_sti_part_txh_.htm#indolethylamine_n_methyltransferase_homo_sapiens_sti_part_txh_ 
    document p02489 cryaa human alpha crystallin a inh part   http://quantique.alwaysdata.net/p02489_cryaa_human_alpha_crystallin_a_inh_part_txh.htm#p02489_cryaa_human_alpha_crystallin_a_inh_part_txh  
    document p02489 cryaa human alpha crystallin a sti part   http://quantique.alwaysdata.net/p02489_cryaa_human_alpha_crystallin_a_sti_part_txh.htm#p02489_cryaa_human_alpha_crystallin_a_sti_part_txh  
    document p05813 crba1 human beta crystallin a3 inh part   http://quantique.alwaysdata.net/p05813_crba1_human_beta_crystallin_a3_inh_part_txh.htm#p05813_crba1_human_beta_crystallin_a3_inh_part_txh  
    document p05813 crba1 human beta crystallin a3 sti part   http://quantique.alwaysdata.net/p05813_crba1_human_beta_crystallin_a3_sti_part_txh.htm#p05813_crba1_human_beta_crystallin_a3_sti_part_txh  
    document p07315 crgc human gamma crystallin c inh part   http://quantique.alwaysdata.net/p07315_crgc_human_gamma_crystallin_c_inh_part_txh.htm#p07315_crgc_human_gamma_crystallin_c_inh_part_txh  
    document p07315 crgc human gamma crystallin c sti part   http://quantique.alwaysdata.net/p07315_crgc_human_gamma_crystallin_c_sti_part_txh.htm#p07315_crgc_human_gamma_crystallin_c_sti_part_txh  
    document phenylalanine ammonia lyase 1 pisum sativum inh part   http://quantique.alwaysdata.net/phenylalanine_ammonia_lyase_1_pisum_sativum_inh_part_txh.htm#phenylalanine_ammonia_lyase_1_pisum_sativum_inh_part_txh  
    document phenylalanine ammonia lyase 1 pisum sativum sti part   http://quantique.alwaysdata.net/phenylalanine_ammonia_lyase_1_pisum_sativum_sti_part_txh.htm#phenylalanine_ammonia_lyase_1_pisum_sativum_sti_part_txh  
    document troponin c homo sapiens inh part   http://quantique.alwaysdata.net/troponin_c_homo_sapiens_inh_part_txh.htm#troponin_c_homo_sapiens_inh_part_txh  
    document troponin c homo sapiens sti part   http://quantique.alwaysdata.net/troponin_c_homo_sapiens_sti_part_txh.htm#troponin_c_homo_sapiens_sti_part_txh  
    document zp3 human zona pellucida sperm binding protein 3 inh part   http://quantique.alwaysdata.net/zp3_human_zona_pellucida_sperm_binding_protein_3_inh_part_txh.htm#zp3_human_zona_pellucida_sperm_binding_protein_3_inh_part_txh  
    document zp3 human zona pellucida sperm binding protein 3 sti part   http://quantique.alwaysdata.net/zp3_human_zona_pellucida_sperm_binding_protein_3_sti_part_txh.htm#zp3_human_zona_pellucida_sperm_binding_protein_3_sti_part_txh  

    8.1.Tableau proteodie url  todo: CSV INS doit pouvoir fonctionner en ajout en précisant une clé de mise à jour

    lien  url_ncbi  
    document alpha 1 antitrypsine     
    document choline o acetyltransferase     
    document collagen alpha1     
    document dhea     
    document dopamine hydroxylase     
    document dopa decarboxylase     
    document indolethylamine n methyltransferase homo sapiens    
    document phenylalanine ammonia lyase 1 pisum sativum     
    document prolactine bovine     
    document prolactine humaine     
    document proteine tpt     
    document serotonine     
    document troponin c homo sapiens   https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/1220372?report=fasta
    document tyrosine hydroxylase     
    nbr    
    lien    
    14.000000  

    8.2.Atelier proteo export : pour l'export du domaine proteo en mettant à jour les domdir

    atelier batch commande  commande  résultat  commande étendue  commentaire
    a:BASE:1:  $BASE  a:BASE:1:    
    x:domaine proteodie mp3 :    x:domaine proteodie mp3 :    
    x:domaine proteo txh :    x:domaine proteo txh :    
    x:domaine proteo partition txh :    x:domaine proteo partition txh :    
    x:domaine homologie txh :    x:domaine homologie txh :    
    x:domaine proteo mid :    x:domaine proteo mid :    
    x:domaine proteo abc :    x:domaine proteo abc :    
    x:domaine proteo partition pdf :    x:domaine proteo partition pdf :    
    _:1!%BASE%\ht\iexport.bat -l -f 20 -e proteoG:\mt\share\vim>echo off DISKBASE=g: BASE=$BASE OPTIONS= -l -f 20 -e DISKBASE=g:,PATHBASE=mt DOMAIN=proteo FD=E: let $FD='E:' Le_:1!$BASE\ht\iexport.bat -l -f 20 -e proteo  
    _:1!dir %BASE%\proteo.zip | grep proteo.zip    _:1!dir $BASE\proteo.zip | grep proteo.zip    
    nbr        
    atelier batch commande  commande        
    9.000000